バルコニーは専有部分ではなく、「専用使用できる共用部分」にあたります。

収納ボックスの設置については、バルコニーは建築基準法と消防法上、隣戸への避難通路となっているため、避難を妨げるものは禁止されます。
それがクリアされているとして、高さ・大きさなどマンションの景観に影響する部分がありますので、管理事務所や管理組合と十分に打ち合わせしておくとよいでしょう。

花壇は基本的には管理組合で禁止されていると思います。土を盛ることになるので、避難通路の確保の件、バルコニー床の強度の問題、下階バルコニーへの漏水の問題、排水ドレインの目詰まりの原因にもなります。
移設可能のプランターボックスやトレリスは、小さいものであれば、避難通路の邪魔をしない限り設置は可能です。しかし、上記の花壇と同じ問題が発生する可能性があるので、設置については注意が必要です。

バルコニー手摺につけるＢＳアンテナ、物干し金物等は基本的には、管理規約で禁止されていると思います。
規約にない場合は、管理事務所や管理組合と打ち合わせしておくとよいでしょう。